Aufgrund des hohen Naturschutzwertes betreiben die Anrainerstaaten Niederlande, Deutschland und Dänemark den trilateralen Schutz des Wattenmeeres seit 1978 nach gemeinsam formulierten Zielen. Gemeinsame Regierungskonferenzen zum Schutz des Wattenmeers sind etabliert und 2009 wurde die Zusammenarbeit durch die Entscheidung der UNESCO, das Wattenmeer als Weltnaturerbe auszuzeichnen, gekrönt. Seit 2018 und bis 2022 hat Deutschland die Präsidentschaft der trilateralen Wattenmeerzusammenarbeit inne. Der BUND erwartet, dass es diese Chance nutzt, die länderübergreifende Kooperation weiter mit Leben zu füllen.
Eine wichtige Rolle erfüllt hierbei das gemeinsame Wattenmeer-Sekretariat oder Common Wadden Sea Secretariat (CWSS) in Wilhelmshaven. Es unterstützt die drei Staaten in ihrer Zusammenarbeit. In Wilhelmshaven ist zudem ein neues Partnerschaftszentrum geplant, um den Schutz des Wattenmeers voranzutreiben: Es könnte die Koordinierung des Netzwerkes, den Wissens- und Erfahrungsaustausch und die Initiierung konkreter Projekte übernehmen.
Im deutschen Teil des Wattenmeeres ist nahezu die gesamte Watt- und Wasserfläche zwischen den Festlandmarschen und den Inseln als Nationalpark und Biosphärenreservat geschützt. Zum Teil sind auch unbesiedelte Bereiche der Inseln enthalten oder sie sind Naturschutzgebiet.