Die Nordsee, die sieben Länder miteinander verbindet, erstreckt sich von West nach Ost über 645 km und von Nord nach Süd über fast 1.000 km, hat eine Fläche von ca. 575.000 km² und eine durchschnittliche Tiefe von nur 94 Metern. Vor 200.000 Jahren während der Saale-Eiszeit war das Gebiet, das heute vom Meer bedeckt ist, eine breite Eisfläche. Nach der Weichsel-Eiszeit, die vor etwa 10.000 Jahren endete, nahm die Nordsee ihre heutige Form an. Die Doggerbank, das flachste Gebiet der Nordsee (ca. 10 m tief), blieb lange Zeit eine Insel und wurde dann überflutet. Die nord- und ostfriesischen Inseln entstanden in den letzten 5.000 Jahren aus Sandbänken oder beim Auseinanderbrechen größerer Inseln.
Mehrere Lebensraumtypen bilden den deutschen Teil der Nordsee. Dazu gehören Flussmündungen, Riffe, Sandbänke, das Elbe-Urstromtal und natürlich das Wattenmeer. Zwei Riffe in der deutschen Nordsee sind besonders wichtige Ökosysteme, nämlich der Borkum Riffgrund und das Sylter Außenriff. Sie sind als Meeresschutzgebiete anerkannt und aufgrund ihres biologischen Reichtums wichtige Jagdgebiete für Robben und Schweinswale. Ebenso wie die Riffe stellen die Sandbänke einen wichtigen Lebensraum für Krebse, Muscheln, aber auch für zahlreiche Fisch- und Seevogelarten sowie Schweinswale dar. In der Mitte der Nordsee ist die Doggerbank die größte Sandbank und erstreckt sich über 17.600 km². Ein wesentlicher Lebensraum ist schließlich das Wattenmeer, das das größte Watt-Inselgebiet der Welt ist.
In der Nordsee wurden mehrere Meeresschutzgebiete ausgewiesen, die aufgrund ihrer reichen biologischen Vielfalt den Schutz ihrer Ökosysteme und der dort lebenden Arten gewährleisten sollen. Ein symbolträchtiges Beispiel ist das Wattenmeer, das in seinem deutschen Teil sowohl als Nationalpark als auch als Natura-2000-Gebiet auf der Grundlage der FFH- und der Vogelschutzrichtlinie anerkannt ist.
Gemeldet werden die Natura 2000 Gebiete von den Staaten selbst. Als Kriterium gelten Verbreitungsgebiete von als besonders schützenswert klassifizierten Arten oder Lebensräume. Für den Lebensraum Meer sind dies vor allem Gebiete, in denen Meeressäuger oder seltene Vögel und Fische vorkommen oder auch empfindliche Habitate wie Riffe und Sandbänke. In Deutschland gehören 14% der Landflächen und 31% der Meeresfläche zu diesem Netzwerk.
Weiter von der Küste entfernt liegen drei Gebiete, die ebenfalls Natura-2000-Schutzgebiete sind. Der Borkum Riffgrund ist ein kleines artenreiches Gebiet, und bis jetzt konnten 165 Arten nachgewiesen werden. Außerdem kommen in diesem Gebiet einige stark vom Aussterben bedrohte anadrome Fischarten (Meeresfische, die zum Laichen ins Süßwässer ziehen) wie die Finte vor. Aber auch Schweinswale und Robben ziehen immer wieder durch dieses Gebiet. Die Sylter Außenriff-Östliche Deutsche Bucht ist ein Lebensraum, in dem die Sandbänke von Geröllflächen unterbrochen werden. Dieser Lebensraum ist für eine Vielzahl von Arten sehr wichtig, insbesondere für den Schweinswal, der hier im Frühjahr und Sommer beobachtet werden kann. Auch für Seevögel ist dieser Ort von entscheidender Bedeutung und dient u. a. Sterntauchern, Haubentauchern, Zwergmöwen und verschiedenen Seeschwalbenarten als Nahrungs- und Überwinterungsgebiet. Aber auch Sturmmöwen, Eissturmvögel, Basstölpel, Dreizehenmöwen, Trottellummen und Tordalke nutzen dieses Gebiet als Rastplatz während ihrer Wanderungen. Schließlich ist die Doggerbank eine große Sandbankfläche, auf der kalte Strömungen aus dem Norden und warme Strömungen aus dem Süden aufeinandertreffen. Solche Grenzgebiete zeichnen sich durch eine sehr hohe Produktivität und große Vorkommen von Plankton aus. Das gute Nahrungsangebot bildet die Grundlage für den Fischreichtum in diesem Gebiet. Auch Seehunde und Schweinswale jagen hier regelmäßig.