Aufgrund des hohen Naturschutzwertes betreiben die Anrainerstaaten Niederlande, Deutschland und Dänemark den trilateralen Schutz des Wattenmeeres seit 1978 nach gemeinsam formulierten Zielen. Gemeinsame Regierungskonferenzen zum Schutz des Wattenmeers sind etabliert und 2009 wurde die Zusammenarbeit durch die Entscheidung der UNESCO, das Wattenmeer als Weltnaturerbe auszuzeichnen, gekrönt. Seit 2022 hat Dänemark die Präsidentschaft der trilateralen Zusammenarbeit im Wattenmeer inne.
Eine wichtige Rolle erfüllt hierbei das gemeinsame Wattenmeer-Sekretariat oder Common Wadden Sea Secretariat (CWSS) in Wilhelmshaven. Es unterstützt die drei Staaten in ihrer Zusammenarbeit. In Wilhelmshaven ist zudem ein neues Partnerschaftszentrum geplant, um den Schutz des Wattenmeers voranzutreiben: Es könnte die Koordinierung des Netzwerkes, den Wissens- und Erfahrungsaustausch und die Initiierung konkreter Projekte übernehmen.
Die Umweltverbände sind im Rahmen des Wadden Sea Teams aktiv und kooperieren, um das Weltnaturerbe Wattenmeer in den Ländern und auf trilateraler Ebene besser zu erhalten. Anlässlich der trilateralen Wattenmeerkonferenzen hat das Wadden Sea Team in den Jahren 2018 und 2022 Calls for Action veröffentlicht und konkrete Empfehlungen für das Wattenmeer erarbeitet.