Für die Binnenschifffahrt wurden in den vergangenen Jahrzehnten viele natürliche Flusslandschaften geopfert. Nach wie vor werden Fluss-Ausbaumaßnahmen in der Hoffnung geplant, die Binnenschifffahrt anzukurbeln. Diese stagniert seit Jahren. Nur rund sechs Prozent des gesamten Güterverkehrs in Deutschland werden über Binnenschiffe abgewickelt. Die Gründe für den Rückgang liegen dabei nicht im schlechten Ausbauzustand der Flüsse, sondern sind auf einen Investitionsstau bei Kanälen, Schleusen und den Schiffen selbst zurückzuführen.
Die Binnenschifffahrt muss sich den Anforderungen einer modernen Transportlogistik anpassen. Der BUND fordert daher vor allem in Niedersachsen, die Flotten zu modernisieren, die Schnittstellen zwischen Wasserweg, Schiene und Straße ausbauen und die Binnenhäfen zu modernen Logistikzentren zu entwickeln. Dazu gehört in erster Linie, veraltete Schleusen und Brücken an wichtigen Knotenpunkten um- oder neu zu bauen. Als Beispiel sei hier die Scharnebecker Schleuse am Elbe-Seiten-Kanal genannt. Darüber hinaus müssen alle Binnenschiffe mit geeigneten Anlagen zur Reduzierung von Dieselruß und Stickoxiden aus- oder nachgerüstet werden.